整肠生的有效成分为地衣芽孢杆菌活菌，可调节菌群失调达到治疗目的。该药还可促进机体产生抗菌活性物质，杀灭致病菌。此外，通过夺氧生物效应使肠道缺氧，有利于大量厌氧菌生长。临床主要用于细菌和真菌引起的急慢性肠炎、腹泻的治疗，也可以用于其它原因引起的胃肠道菌群失调的防治。
由于该药为活菌制剂，使用时一定要注意溶解时水温不能高于40℃，保存时也要注意阴凉，避免高温处保存。因为本品为活菌制剂，因而也应避免与抗菌药物联合使用，否则可减轻其疗效。如果必须服用，可间隔三小时以上服用。另外，由于铋剂、鞣酸、药用炭、酊剂等能够抑制和吸附活菌，因此也不能和该药物合用。