热带口炎性腹泻的治疗要给予营养丰富的饮食，补液以纠正水电解质紊乱。改变生活环境，移居温带适当治疗，尽早治疗。
一、一般治疗
1、营养支持：热带口炎性腹泻患者的治疗首先要给予营养丰富的饮食，保证充足营养。
2、补液：患者持续性腹泻会造成身体的水、电解质紊乱，需要进行适当补液，以纠正水、电解质紊乱。
二、药物治疗
1、柳氮磺吡啶：柳氮磺吡啶是广谱抗菌剂，临床主要用于治疗肠道感染，对大多数革兰阳性菌和革兰阴性菌、衣原体、疟原虫等病原体均有较好的抗菌活性。口服难吸收，在肠道分解释放出有活性的磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，具有抗菌、抗炎和抑制免疫作用。
2、四环素：四环素类药具有非常广的抗菌谱，是衣原体、支原体、立克次体和霍乱弧菌感染的首选用药。胃肠道反应是其最常见的不良反应。
3、叶酸、维生素B12：热带口炎性腹泻患者会出现维生素吸收不良，造成巨幼细胞性贫血，需补充叶酸和维生素B12来纠正贫血。治疗时间要持续6个月，直至黏膜结构完整性修复。