病人的治疗以对症支持疗法为主，可以使用微生态制剂，原则上不用止泻药和抑制肠蠕动的药物。避免使用抗生素，并采取适当办法中和减少毒素。对感染肠出血性大肠杆菌0157：H7病人和疑似病人应进行药物治疗。
一、药物治疗
1、阿托品类药物：腹泻伴有剧烈呕吐或腹痛剧烈者，可给予阿托品类药物，但慎用或禁用阿片制剂，因其能强烈抑制肠蠕动，使肠毒素易被吸收而加重中毒或诱发中毒性巨结肠。
2、抗菌药物：不同病原菌所使用抗菌药物不同，肠出血性大肠埃希杆菌感染所致腹泻治疗中，由于抗生素可促使细菌释放绿猴肾传代细胞有毒性物质，从而使患者并发溶血性尿素综合征的危险性增加。
3、补充电解质的药物：患者在患病过程中如果出现严重腹泻，会导致体内电解质紊乱，应根据电解质丢失情况进行补充，如当大量失钾时可以给予患者氯化钾缓释片，如果失钠严重可以给予患者碳酸氢钠治疗。
二、其他治疗
重症腹泻伴脱水、电解质紊乱、酸中毒或休克者，补液推荐用乳酸林格液，遵循补液的基本原则，继发酸中毒者静脉给予5%碳酸氢钠或11.2%乳酸钠，补充钾、钙。