功能性消化不良主要症状包括餐后饱胀、早饱感、上腹胀痛、灼热感等，常以某一个或者一组症状为主。在病程中症状可发生变化，起病缓慢，常反复发作。
一、典型症状
1、上腹痛：上腹痛常与进食有关，表现为餐后腹痛，亦可无规律性，部分患者表现为上腹部灼热感。
2、饱胀感：饱胀感与进食也有关系，包括餐后饱胀和早饱，早饱表现为感觉饥饿，但是进食不久就有饱腹感。
3、食欲不振、嗳气：患者饱腹感常伴有食欲不振和嗳气，偶见恶心和呕吐。
二、其他症状
部分患者有焦虑、失眠、抑郁、头痛、注意力不集中等症状。