胃窦血管扩张症病因目前尚不明确，通常伴随全身系统性疾病，主要病因可能为门静脉高压、胃黏膜脱垂、自身免疫因素以及体液因素。本病好发于萎缩性胃炎、肝硬化以及自身免疫性疾病患者，且以老年女性多见。
1、门静脉高压：患有胃窦血管扩张症的患者，通常伴有门静脉高压、肝硬化等疾病，因此肝脏疾病可能与该病有一定的关联。
2、胃黏膜脱垂：较强的胃肠蠕动引起胃窦黏膜脱垂，松弛的胃黏膜被牵拉伸长并受幽门挤压，形成多个纵行皱襞，膜内血管亦随之增长、卷曲和扩张，继而引起胃窦黏膜的损伤和间歇性血供不足，最终导致肌纤维反应性增生和血管扩张，形成特有的胃镜下及病理学表现。
3、自身免疫因素：62%的胃窦血管扩张症患者有自身免疫性疾病，同时研究证实抗着丝点抗体、抗核抗体与胃窦血管扩张症的发病关系密切。
4、体液因素：促胃液素、血管活性抑制性肽、儿茶酚胺、前列腺素等和其他血管活性物质，与胃窦血管扩张症的发病有较高相关性。促胃液素水平升高可导致梭形细胞增殖、增生，括约肌松弛和毛细血管扩张，扩张的毛细血管周围活动性增生的神经内分泌细胞，分泌的血管活性抑制性肽和5-羟色胺与胃窦血管扩张症相关，这些物质对血管舒张和渗出起着关键作用。