食管过短的治疗应注意饮食，给予药物治疗及施行扩张术，一般多能取得一定疗效，若保守治疗失败，则需手术治疗。
一、药物治疗
1、解痉药物：如匹维溴铵、阿托品、山莨菪碱等，可解除平滑肌痉挛，改善微循环，抑制腺体分泌，缓解症状。但应注意各自的不良反应及禁忌症。
2、抑酸药：可抑制胃酸产生，减轻胃酸对食管黏膜的刺激作用，缓解反酸、嗳气等症状。
二、手术治疗
1、食管扩张术：对于食管过短的患者，通常使用的是食管扩张术中的探条扩张法。方法为利用内镜找到狭窄部位，将导丝经活检孔道插至狭窄部位的远端，明确狭窄部位后退出内镜保留导丝，沿导丝缓慢推进扩张探条，直至通过狭窄部位，依次增加探条的直径，逐渐扩张狭窄部位。患者应在术后24小时禁饮食，之后进食流质饮食，并注意休息。
2、食管切除重建术：食管切除重建术是指切除部分食管后重新连接食管与胃肠道的手术，适用于食管过短症状较重以及并发症较多的患者。除用胃或缝合成管状的部分胃组织连接上段食管外，还可游离一段带血供的空肠或结肠连接于上段食管切断与胃之间，重建进食通道。
3、胃大部切除Roux-Y型胃空肠吻合术：适应于食管过短合并反流性食管炎的病人，空肠-空肠吻合口距离胃空肠吻合口至少30~45cm，以预防术后可能发生的胆汁性食管炎。