功能性消化不良的病因和发病机制尚未完全清楚，可能与胃肠动力障碍、内脏感觉过敏、胃底对食物的容受性舒张功能下降、精神和社会因素相关。
一、主要病因
1、胃肠动力障碍：胃肠动力障碍包括胃排空延迟、胃十二指肠运动协调失常。
2、内脏感觉过敏：功能性消化不良患者胃的感觉容量明显低于正常人，内脏感觉过敏可能与外周感受器、传入神经中枢整合等水平的异常有关。
3、胃底对食物的容受性舒张功能下降：胃底对食物的容受性舒张功能下降常见于有早饱症状的患者。
4、精神和社会因素：功能性消化不良患者存在个性异常，焦虑抑郁积分显著高于正常人和十二指肠溃疡组。在功能性消化不良患者生活中，特别是童年期应激事件的发生频率高于正常人和十二指肠溃疡患者，但精神因素的确切致病机制尚未阐明。
二、诱发因素
1、不良生活习惯：如吸烟、喝酒、喝咖啡浓茶，食用高脂食物、暴饮暴食等。
2、长期处于精神紧张状态：往往会因为神经系统和内分泌调节紊乱，而导致消化不良。
3、药物影响：比如非类固醇消炎药，其会使得肠道受到刺激。另外，有些老年人、中风患者、心脏病人等服用阿司匹林，会对胃部形成损害，引起胃部、上腹部出现疼痛。