1、血常规：周围白细胞总数和分类正常，暴发型和有继发细菌感染时白细胞总数和中性粒细胞比例增高，慢性患者有轻度贫血。
2、粪便检查：在新鲜粪便和其他标本中见到吞噬红细胞的滋养体或在活检组织中见到滋养体是确诊的最可靠依据，做粪便检查时应挑选含血、黏液部分，反复多次检查，采用浓缩法，可提高阳性率。因阿米巴滋养体可能是间断排出，故推荐在10天时间内连续取3次标本，每次相隔在48小时为宜，并且标本的采集应在进行抗寄生虫治疗停药48小时后进行，标本采集不能冻存，3次浓缩检查可使漏诊率降至3%。慢性患者粪便中可查获包囊，用铁苏木素或碘液染色，观察包囊内部结构，可与结肠内阿米巴相鉴别。
3、血清学检查：
（1）检测特异性抗体：人感染溶组织内阿米巴后可产生多种抗体，即使肠阿米巴已治愈，阿米巴原虫已从体内消失，抗体还可在血清中存在相当长的一段时间，故阳性结果反映既往或现在感染，常用酶联免疫吸附试验、间接血凝试验、间接荧光抗体试验等。
血清学检查IgG抗体阴性者一般可排除本病，特异性IgM抗体阳性提示近期或现症感染，阴性者不排除本病。
（2）检测特异性抗原：单克隆抗体、多克隆抗体检测患者粪便溶组织内阿米巴滋养体抗原灵敏度高、特异性强，检测阳性可作为明确诊断的依据。
4、分子生物学检查：固定粪便标本，抽提DNA，设计针对溶组织内阿米巴DNA的引物进行PCR扩增，扩增到特异性条带者为阳性，敏感性与特异性均高。由于酶联免疫吸附试验检测抗体阳性者尚包括既往感染，故PCR方法对于诊断现症感染尤有优势。
5、结肠镜检查：必要时做结肠镜检查，可见肠壁大小不等散在性溃疡，中心区有渗出，边缘整齐，周边围有一圈红晕，溃疡间黏膜正常，取溃疡边缘部分涂片及活检可查到滋养体。
6、X线钡剂灌肠检查：可在阿米巴瘤部位发现有充盈缺损、狭窄或阻塞。