除了某些特殊的碳水化合物不耐受症以外，几乎所有能引起吸收不良的疾病都可出现脂肪痢，如肝病、胰脏疾病或小肠疾病、胃及回肠切除等均会引致脂肪痢，由于脂肪的消化吸收减少，故患有脂肪痢。
1、消化功能破坏：正常消化功能的破坏，如胰腺炎或胃切除后。胰腺类疾病的患者由于分泌各种消化酶的功能下降，脂肪吸收障碍，出现脂肪痢。
2、胆盐缺乏：如肝脏及胆道系统疾病、盲襻综合征及回肠切除。胆汁分泌功能不正常或胆盐缺乏时，食物内的脂肪无法消化，可引发脂肪痢。
3、黏膜损伤：由于黏膜损伤而引起吸收障碍，如口炎性腹泻、局部肠炎、胃肠道放射性治疗后。黏膜损伤导致消化和吸收脂肪动能受损，引发脂肪痢。
4、脂肪再酯化：脂肪再酯化以及乳糜微粒形成和转运的降低，通常见于血β-脂蛋白缺乏症及肠淋巴管扩张，转运降低导致脂肪消化减少，引发脂肪痢。
5、肠营养障碍：肠输送营养障碍，包括淋巴管梗阻、循环障碍等，导致脂肪的输送减少，无法消化吸收，引发脂肪痢。
6、肽酶缺乏：约有80%本病患者带有人白细胞抗原HLA-B8、HLA-DW3。人食谷物后其麸质中所含的麦胶蛋白肽在肠中水解时需要有关的肽酶，如患者肠黏膜上皮缺少此酶，则未被水解的麦胶蛋白刺激肠黏膜引起本病。