1、体格检查：通过视诊、触诊，判断患者肠道是否存在包块，有无肠梗阻、肝肿大等。
2、免疫学检查：抽血检测患者血液中的寄生虫抗体以及抗原，判断有无出现寄生虫感染。
3、核酸检测：诊断患者的肠组织以及粪便做寄生虫的核酸检测，判断有无出现寄生虫的感染以及感染的寄生虫种类。
4、影像学检查：如B超、CT等检查，可帮助判断患者的盲肠有无出现炎症或肿块等。
5、粪便检查：取患者粪便用生理盐水直接涂片法做镜下检查，阿米巴肉芽肿患者可在粪便中找到溶组织阿米巴滋养体或溶组织阿米巴包囊，镜检可见黏液中含较多聚集成团的红细胞和较少的白细胞，有时可见夏科-雷登结晶和活动的滋养体；血吸虫肉芽肿患者可在粪便中查见血吸虫虫卵。
6、肠镜检查：通过乙状结肠镜或结肠镜直接观察黏膜溃疡，并做组织活检。阿米巴肉芽肿患者在正常黏膜上可见口小底大的烧瓶状溃疡，取其内容物活检可检查到溶组织阿米巴滋养体，慢性患者除溃疡外，尚可见黏膜增厚与息肉形成；血吸虫肉芽肿患者可见虫卵结节附着，肠黏膜充血水肿，肠壁增生及瘢痕形成。