慢性溃疡性（非肉芽肿性）空肠回肠炎的病因和发病机制极为复杂，至今未完全阐明。主要考虑与肠道疾病、饮食不当有关，具体如下。
1、肠道疾病：针对中老年体弱者和原本患有肠道疾病的患者，需要密切注意，以防病变诱发本病；
2、饮食不当：当存在饮食不当、饮酒、抽烟、过度劳累等情况时，易导致机体抵抗力下降，继而诱发慢性溃疡性（非肉芽肿性）空肠回肠炎。