肛门如果是清洁灌肠或者药物灌肠的话是不疼的，除非肛门有伤口或者是有炎性肿块刺激造成的疼痛，在灌肠的时候正好刺激到了伤口或者是局部肿块的地方，患者可能会疼。还有就是在灌肠的时候灌肠管没有润滑好，或者是比较硬的情况下戳着肛门了，比较粗暴的进行灌肠也可能会疼，但是一般在肛门没有疼痛的情况下，专业医务人员灌肠是不会疼的。