胃蛋白酶原1主要是胃底的泌酸腺细胞主细胞及粘液颈细胞分泌的，胃蛋白酶原2除胃底腺细胞分泌外，贲门腺、幽门腺、十二指肠的细胞也可分泌。胃蛋白酶原1和2偏低说明胃部秘酸腺细胞分泌功能减低，是慢性萎缩性胃炎、胃溃疡等粘膜疾病所致，单纯看胃蛋白酶原1和或胃蛋白酶原2高低没有临床意义，需看胃蛋白酶原1/2的值可以诊断胃部疾病的轻重，胃蛋白酶原1/2的值与胃癌及胃癌前病变的严重性呈负相关，即此比值越低，危险性越小。