无痛胃镜的副作用比较小，主要是对咽喉部及消化道黏膜的损伤。无痛胃镜和普通胃镜的区别就是无痛胃镜是在全麻的情况下进行，患者感受不到痛苦。胃镜的前端在穿越咽喉部时没有抵抗，减轻了对局部组织的损伤。但是也会对消化道黏膜造成轻度的损伤。此外就是麻醉的风险。无痛胃镜需要全麻，有专业的麻醉科医生进行操作。全麻的操作技术目前比较成熟，但是也有一定的风险。