灌肠的禁忌症比较多，尤其是大量灌肠的时候，更应该注意。急腹症，消化道出血，肠道术后没有痊愈，克罗恩病，伤寒，或者是严重的心脑血管疾病都属于禁忌症。如果有腹肌紧张，压痛反跳痛，提示有急腹症，大便中有鲜血或者是柏油样便，都提示有消化道出血。克罗恩病或者肠伤寒的时候灌肠，则容易发生损伤的肠壁出现穿孔。本身有严重的心脑疾病，大剂量灌肠，有诱发猝死的可能。