肠菌群失调的治疗方法有以下几种。1.病因治疗:如果是疾病引起的，需要在明确病因的情况下祛除病因，然后再调理肠道。2.饮食治疗:进食清淡易消化的果汁、蔬菜汤、米粥、奶酪、香蕉、蜂蜜等，增加食欲同时防止脱水发生。3.药物治疗:严格在医生的指导下服用抗生素和益生菌等药物缓解治疗。如:双歧杆菌、益生元制剂等。