肠病原性大肠埃希菌感染的治疗分为3个部分：第1部分，一般及对症治疗：患者感染肠病原性大肠埃希菌以后，最常见的是腹泻。腹泻患者一般不必禁食，可以进食流质或半流质，忌食多渣油腻和刺激性食物。若腹泻频繁，伴有呕吐和高热等严重感染中毒症状，则应卧床休息，禁食，并鼓励其多饮水。腹泻伴有呕吐或腹痛剧烈者可给予阿托品类药物，但要慎用或禁用阿片制剂。近年来应用并推广的微生态疗法，目的是在于恢复正常肠道菌群，重建肠道生物屏障，拮抗病原菌定植，有利于腹泻的控制。常用的制剂有双歧杆菌，嗜酸乳杆菌等。也有主张使用思密达的，认为可以吸附病原菌和毒素，并能通过与肠道粘液分子间的相互作用，增强黏膜屏障，以防御病原菌的侵入。对于并发溶血性尿毒综合征的重型患者，一旦出现无尿时，则应采取相应的透析等按急性肾衰竭处置。第2部分，液体疗法：如果病人腹泻严重，出现脱水症状，就要给予通过口服或静脉补充液体。第3部分，抗菌药物的合理使用：对大肠埃希菌，一般可选用氟喹诺酮类药物和磺胺类药物，口服，疗程3-5天。注意肠出血性大肠埃希菌O157:H7感染，由于有报道使用抗生素对病程无明显影响，且部分患者还会发生溶血性尿毒综合征，故目前对这种细菌感染不主张使用抗生素。