灌肠的好处是刺激肠道的蠕动，软化大便，使大便容易排出，用于治疗便秘，排出体内的毒素。但是如果长期灌肠，会产生依赖性，对人体是有害的，特别是长期采用肥皂水灌肠时，可引起肠道炎症。灌肠还会引起肠道菌群失调，引起过敏，腹泻和脱水。灌肠操作方法不当会引起肛门局部损伤，污染尿道或者阴道，或者引发肠穿孔等并发症。也有极少数灌肠引起死亡的病例报道，应予以注意。