两个药物是常用的抑制胃酸分泌的药物，主要的区别是：一，发现的时间和结构不同，奥美拉唑发现的时间比较早，在临床应用也比较多是第一代抑制剂。泮托拉唑是奥美拉唑结构基础上，经结构改造属于更新型的，是第三代药物。二，抑制分泌胃酸的效果和稳定性不同，泮托拉唑比奥美拉唑抑制胃酸效果更好一些，作用更强一些，持续的时间也长。三，安全性能不同，泮托拉唑在使用过程中，与其他药物发生相互作用的几率更小一些，安全性也比较高。