无痛肠镜检查对人体的健康还是有一定的危害的，需要静脉应用麻醉的药物来减少肠镜检查造成的痛苦，应用麻醉的药物就会有副作用和药物的过敏反应，比如会导致呼吸暂停、缺氧等，但是发生这样情况的几率也是很小的，无痛胃镜检查需要应用泻药进行清洁肠道，可能会引起人体电解质的失衡和肠道的菌群失调以及肠粘膜的损伤等，这些都是无痛肠镜检查对人体健康的危害。