引起非感染性腹泻的主要原因是肠道菌群紊乱：乳杆菌、双歧杆菌减少，而肠球菌、克雷伯菌等条件致病菌增加会导致腹泻的发生。也有特殊种类食物不耐受会导致腹泻。因为腹泻存在肠道内致病菌过度生长，所以可以使用抗生素治疗，对一部分患者是有效的。使用益生菌也能够改善部分腹泻症状。如双歧杆菌四联活菌片、酪酸梭菌三联活菌片、布拉氏酵母菌。如果怀疑食物不耐受导致腹泻，需要到医院查出特定食物后，避免食用即可。也有个别患者是肠道息肉或结肠癌导致的腹泻，需要做结肠镜检查明确诊断，进行内镜下或外科手术治疗。