小儿肛周脓疡并没有最好的处理方法，只能选择对其进行最好的处理，通常采用的是保守疗法，外科治疗。
非手术疗法
1、婴儿的肛周脓肿的情况比较轻，可以使用外敷的药物，例如外敷的红霉素。2、用热水来进行坐浴，尤其是在大便之后要用清水清洗，可以通过热水坐浴来加快局部的血液流通，也可以到正规的医院进行物理理疗。
2、外科疗法
如果小儿的肠管出现了严重的脓疡，应立即进行开腹引流，以免发展为肛漏。术后要注意使用抗生素，同时要注意肛周的卫生。