尿道下裂首选疗法为手术，手术时间尽可能早，由于小儿修复和愈合能力较强，而疼痛的回忆愈小。如果年龄较大时，可选择其疗法来进行辅助治疗，如留置导尿等。建议在1岁以后进行手术，最常采用的术式是在阴茎背侧使用冒状包皮卷管，完成尿道成形术后，对阴茎发育较挺直者，尿道板纵切卷管尿道成形术可用于尿道。
此外，婴儿尿道下裂应该注意局部卫生，避免方式感染。