儿童手足口病的病因是由临床表现来判断的，如果有必要，可以通过病原学的方法进行治疗。
一般情况下，在每年的六月至七月之间，儿童的手足口病可以通过临床表现来进行诊断。儿童接触后，要经历潜伏期、早期、急性期、恢复期。在潜伏期没有任何征兆。早期表现为正常的症状，表现为发烧、咽痛、流涕等上呼吸道症状，在没有皮疹前是很难发现的，如果症状不典型，可以做病原学检查。皮疹多见于口咽部、手掌、足掌、指趾间缝、臀部等部位，皮疹一般不会有明显的痛感和瘙痒感，口咽部疱疹很容易溃破，出现溃疡。