儿童口腔疱疹，通常认为由病毒感染所致，但是必须与手足口病加以鉴别。如果宝宝口腔出现疱疹，那么很可能是由于病毒侵犯到了口腔粘膜组织而导致。婴儿口腔疱疹可应用抗病毒药物治疗，亦可用双黄连、清热解毒之药，如板蓝根。如果出现皮疹或口腔溃疡等症状时，可选用红霉素、阿奇霉素等抗生素类药物治疗。当婴儿体温高于38.5°C时，可使用美林之类的退热药。家长不要给患儿服用含酒精的药物，以免加重病情或造成不良反应。
此外，家长应该重视儿童口腔卫生，维持其口腔清洁，每日可用淡盐水为孩子含漱，减轻儿童咽部及口腔不适。