小儿矮小症可以采用药物治疗、手术治疗等。
矮小症的治疗药物选择，需经由医生综合评估后，在医生的指导下使用。重组人生长激素，生长激素缺乏性矮小症首选药，可有效提高患者的生长速率，改善成年身高。
因肿瘤等引起的继发性生长激素缺乏症，除了进行生长激素等内分泌治疗以外，还要对症进行手术治疗，如垂体瘤要进行选择性经蝶或经颅垂体腺瘤摘除术等。