通常不管是什么手术，操作都有一定的风险。
肛瘘手术过程分为挂线、瘘管切开、瘘管切除等。风险主要是术后会不会复发，伤口切开或挂线后，伤口愈合后是否会再次有肛瘘，这是简单的并发症，可能要进行处理，改变切开的方式，对于比较复杂、比较深的肛瘘，有时括约肌损伤后可能会导致排便功能差，严重的可能会导致大便失禁的情况。