小儿秋季腹泻常见的病原体有轮状病毒、柯萨奇病毒两种。
轮状病毒是导致小儿秋季腹泻的主要原因，病毒会通过粪口传播，或经气溶胶的形式经呼吸道感染。6个月到3岁的孩子是主要发病人群，因10-11月份是常发季节，因此又叫小儿秋季腹泻，潜伏期1-3天。是一种自限性疾病，病程约在3-8天，目前没有针对轮状病毒的特效药。