大部分疾病都可能会导致新生儿哭闹，但新生儿哭闹的主要病因有以下几种：
1、肠道寄生虫：如钩虫、鞭虫、蛲虫等，会引起腹痛、神经系统变化、消化功能、营养不良等。
2、口腔炎症：由于病毒、细菌、真菌等原因导致的卡他性口腔炎、咽炎等都会导致宝宝的啼哭，而在儿童牙萌出时，会出现牙痛。
3、中耳炎：中耳炎还会因为疼痛而反复哭泣，尤其是在晚上。所以对于经常啼哭的孩子，要做好耳鼓膜的检查，如果是中耳炎，要立即进行治疗，以免造成听力损害。
4、低钙：儿童低钙时，会出现兴奋、烦躁、易激动、哭闹、惊吓、睡眠不安等症状，钙疗法是有效的。
5、湿疹：小儿啼哭的主要病因有尿布疹、湿疹，父母要注意及时的护理和处理。