矮小症的原因有很多，拍核磁共振可以尽快的帮助确定病因。
头部核磁共振主要是为了观察头部的垂体变化。生长激素不足性矮小是由于脑下垂体的发育不良，或是因为创伤造成的骨折，都会影响到生长激素的产生，从而造成生长因子不足的矮小症。另外，某些特发性矮小症的病人，为了提高身高，促进发育，还应该进行脑部的核磁共振检查，如果是因为有了微小的腺瘤，就不能使用生长激素了。