小儿肛周脓肿的原因主要为出现肛隐窝细菌感染，或者是便秘引起的。
小儿肛周脓肿可能是因为小儿的身体还处于发育期，肛隐窝尚没有发育完善，大便或者细菌进入肛隐窝以后，返回的可能性很小，造成肿胀。如果小儿经常出现便秘，或者稀便的情况，因为小儿的身体抵抗力较低，大便或者肠液物质容易在肛周反复摩擦，滋生细菌，引起肛周脓肿的情况。