新生儿女性生殖畸形的主要原因有：
新生儿胚胎发育时若本身基因自带疾病，出生时就可能体现，即先天性生殖器畸形，常见有先天性无阴道、阴道闭锁、处女膜闭锁等女性生殖器畸形。还另外母体孕期受到高水平雄激素的刺激，长期的刺激会导致外阴定型过程中有男性化倾向，即本应是女孩的个体在胚胎外生殖器成型时受到雄激素干扰，外阴发育像男性，孩子出生后看起来像男性外观，阴蒂较大，阴囊两个大阴唇融合形成类似阴囊的组织，但阴囊内没有睾丸，一般都是激素水平紊乱导致的。