新生儿低血镁症的原因主要包括：
1、镁的摄入量减少，比如早产儿，胎儿从母亲获得的镁主要在孕后期三个月。新生儿暂时性低血镁症，为一过性，常伴有低血钙症。
2、宫内发育迟缓，胎盘转运镁障碍，母亲供给的镁减少。
3、镁的吸收不了。腹泻可以影响肠道对镁的吸收。因为磷摄入过多可以影响镁的吸收。肝胆疾病可以导致镁在肠道的吸收减少4、镁丢失过多，比如肾小管的疾病，应用药物常用的药物比如，利尿剂，氨基糖胺类都可以导致镁排泄增加。