新生儿心肌炎的发病速度很快，而且很严重。预防新生儿心肌炎暴发流行，需要采取预防。
儿童出现流行性心肌炎时，应隔离两个星期，并对接触的人进行检疫。对易感者要给予血清免疫球蛋白，按体重0.2ml来计算，目前婴儿心肌炎的研究正在进行中，同时要注意防止产伤、窒息、寒冷、高热。
建议做好优生优育工作，减少新生儿死亡率，做好卫生期间的卫生保健，防止感染，加强婴儿室和母婴同房病房的管理，严格执行消毒和隔离。