川崎病是一种自限性的疾病，大部分病人的预后都很好。
一般只有1%-2%的儿童会发生川崎病的复发，而那些没有发生管状动脉病变的孩子，一般会在1个月、3个月、6个月、1-2年进行一次全面的身体检查，包括身体检查、心电图、超声心动图等。如果没有得到有效的治疗，约15%-25%的儿童会患上冠状动脉瘤，因此，应该在6-12个月内进行长时间的跟踪。冠状动脉瘤在发病后2年内会自行消失，但仍会出现血管壁增厚、弹性减退等功能障碍。较大的动脉瘤往往难以完全消退，经常会造成血栓和官腔狭窄。