三岁宝宝肚脐眼位置疼可能是生理性的，也可能是病理性原因引起的。
三岁的婴儿肚脐疼，考虑是痉挛性所致，要看孩子的疼痛间隔，疼痛后的症状有没有减轻，再加上孩子进食的问题。阑尾炎初期可能会有脐周疼痛，但是随着病情的发展，会逐渐发展成右下腹疼。三岁以下的儿童还可能会出现肠套叠，这种疼痛比较剧烈，而且小孩容易犯困。腹痛消失后，宝宝不玩耍，精神状态也比较差，进食时会出现呕吐、腹部有呃逆、包块等症状。其次是胆道蛔虫症，通常发生在右上腹部，靠近脐周，通常以右侧为主，疼痛比较强烈，但在疼痛过后，孩子没有明显的不适，疼痛时会大量出汗，而且有针扎样的疼痛，很明显。
孩子肚脐周围疼痛的原因有很多，需要根据孩子的具体情况，进行超声检查，确定是否存在与胃有关的问题。