小儿单纯性肥胖的鉴别诊断主要是对伴有肥胖的遗传性疾病和内分泌疾病进行鉴别，遗传性疾病包括三种:
第一，Prader-Willi综合征，手脚小、身材矮小、体态肥胖、肌张力低、智力低下、外生殖器发育不良。
第二，Laurence-Moon-Biedl综合征，肥胖、多指、多趾、轻度智力低下、视网膜色素沉着、性功能降低。
第三，Alstmm综合征，失明、糖尿病、中央型肥胖、视网膜色素变性、神经性耳聋。
内分泌疾病包括肥胖生殖无能症，是由于下丘脑及垂体病变，体脂分布于磕下、颈、下肢、乳房、会阴、臀部。身材矮小，手指和脚趾纤细，第二性征延迟或没有。其他内分泌疾病有甲状腺功能降低、肾上腺皮质增生、生长激素缺乏等，都有皮质增多但均各有特点。