小儿白塞症的病因及致病机理尚不十分明确，一些学者提出其与基因、传染病、免疫调控、以及外界环境等多种原因有关。首先是因为有了家庭的聚合症和基因的早期征兆，也就是说，如果是父母得了这种疾病，就会有更高的几率得上是白塞病。第二个传染因子，是由一些细菌引起的，如单纯性疱疹，链球菌，大肠杆菌等引起的，引起了该疾病的发病。第三种是由免疫复合物所引起的血管性炎症，也是导致白塞症发病的原因之一。