小孩先天性尿道下裂可能是遗传、先天发育异常，或一些后天因素导致的。
小孩先天性尿道下裂大部分是因为遗传导致的，如果家族男性有尿道下裂发病史，很可能会遗传给后代。如果母体受损，怀孕时基因突变，或孕龄过大，也可能会导致发育异常。除此之外，环境因素、食品、空气污染等后天因素，也可能会导致小孩先天性尿道下裂。