儿童念珠菌感染可侵犯消化道，呼吸道，泌尿道等器官，并可引起念珠菌感染和念珠菌血症。
儿童念珠菌病主要表现为粘膜病变，坏死组织，纤维素，大量的菌丝和芽孢，假膜脱落，出现灶性糜烂和出血性溃疡。内脏病变多为肉芽肿，急性播散性病变为灰色的细小脓肿，在病灶内有孢子和假菌丝。周围组织有嗜中性粒细胞和组织细胞，血管受到感染，会出现慢性血管炎变化，容易破裂出血，出现血栓，严重的免疫抑制患者炎症反应比较轻微，只有念珠菌和坏死组织的脓肿。