一般情况下，新生儿很少会有肾结石或尿路感染，如果患有这两种疾病，可以通过抗生素进行抗感染治疗，可以有效的控制尿路感染，抗菌药物是尿路感染的首选。
如果有高感染的危险因素，可以通过对症治疗，调整生活习惯等。需要进行一些基本的治疗，如拔除结石、拔除尿管等。新生儿泌尿系统感染的治疗非常重要，首先要选择敏感的抗生素进行抗感染治疗，然后根据尿培养药物敏感性试验，选择敏感的抗生素进行抗感染治疗，一般的尿路感染一般要7-14天，如果有必要，可以延长到三周。