矮小症主要是生长激素缺乏、器质性，其它暂时性、机制性青春期生长延迟。
一，生长激素缺乏，特发性即原发行，下丘脑和垂体没有病症，GH分泌不足，糊涂原因不清楚。
二，器质性:下丘脑、颅内肿瘤、垂体、感染、细胞浸润、头颅创伤、放射性损伤等，中国最主要的病因是产伤。垂体发育异常，如不发育、发育不良、空蝶鞍，还有唇裂、视中隔发育不全、腭裂等畸形都可能导致生长激素合成和分泌障碍，多种垂体前叶激素缺乏也可能。
三，暂时性、机制性青春期生长延迟，社会心理型生长抑制，原发性甲状腺功能减退等也可能导致暂时性的分泌功能降低，不良因素解除或原发病治好后恢复正常.
家族身材矮小，生长激素不敏感或者抵抗综合症，约1/3是子宫内生长迟缓导致成年后矮小、骨骼发育障碍，内分泌代谢导致生长落后。