宝宝发烧39.9度，可以通过以下方法进行治疗：
宝宝发烧到39.9摄氏度时，属于重症高烧，需要及时给予解热的药物进行治疗，如对乙酰氨基酚混悬滴剂、布洛芬混悬液、复方阿司匹林、吲哚美辛等。
其次，家长也可以辅以物理降温，让宝宝多喝点温水，要穿透气性好的衣服。同时及时带宝宝去医院就诊，明确引起高热的原因后，再给予进一步的治疗。