阴茎发育不良怎么治疗最好，需要视情况而定。如果是在青少年时期、未成年之前出现阴茎发育不良，一般可以通过外源性地补充雄性激素，促进男性阴茎的发育，可以肌肉注射绒毛膜促性腺激素，或者口服安特尔。如果是成年人，一般可以使用药物治疗或者其他的方式一般效果都不好。建议可以采用手术的方式，最常见的就是阴茎延长手术，或者通过阴茎海绵体假体植入手术。