婴儿肺炎的遗症主要是肺不张或者肺气肿、心功能下降、营养不良等。
如果婴儿的肺部炎症没有得到及时的控制，会造成由于痰液堵塞在肺泡中而形成肺不张；以及肺泡的融合以及张力过大而形成肺气肿。肺炎合并有心肌炎，造成心功能的下降。此外肺炎的病程比较长，病情比较重的情况下，会影响消化吸收以及消耗营养过多，从而造成营养不良。