灌肠对肠粘膜可造成不同程度损伤。
灌肠是将一定量的溶液直接注入直肠结肠，刺激直肠结肠的蠕动而引起排便，但是可引起肠粘膜水肿、易拉肚子，可有腹痛，不过一般是一过性的，不发生肠炎之类的疾病，无法服药，则可考虑灌肠。如果需要长期使用，最好还是要用一次性肛管，因为肛管套在直肠里比较舒服。儿童一般不宜灌肠多使用肛塞药品，肠道黏膜薄弱，完全吸收药品。