隐球菌是本病惟一的病原菌。该菌在自然界广泛分布，可见于皮肤、土壤、尘埃、鸽粪等。在大城市里，从窗台上掉下来的鸽子粪便往往是传染源。隐球菌属包括17个属、18个变种，仅新生隐球菌及其变种具有致病性。新生隐球菌是一种圆形酵母菌，被宽大的荚膜包围着，称为厚荚膜。隐球菌病是一种新型隐球菌感染引起的疾病，主要是侵犯中枢神经系统引起的脑膜炎。在分娩过程中通过带有隐球菌的产道感染，部分可通过胎盘传染。