宝宝对牛奶蛋白过敏的表现各不相同，可出现腹泻，便血，部分呕吐和腹痛等症状，有的出现皮肤皮疹、皮肤瘙痒。
部分婴儿会出现流鼻涕、鼻塞、打喷嚏等上呼吸道症状。需要停止使用奶粉，或更换深度水解奶粉，还是换成羊奶粉、豆奶粉过后，上述症状得到改善，甚至治愈，都可以证明宝宝对牛奶蛋白过敏。通常为食物过敏，超过6个月未接触此物质即可发生脱敏。