因为手足口病多发生于春季末及夏季温暖潮湿的季节，所以手足口疫苗最注射时期应在冬季末应用。南北方是有差异的。手足口疫苗一个疗程共注射两次，两次间隔一个月，因此北方应在二、三月份注射；南方应在一、二月份注射，这样在春季末，温度升高季节已经注射完毕。因为婴幼儿感染，手足口重症发生率高，所以建议婴幼儿12个月以前完成接种。六个月到五岁的婴幼儿及儿童都应该注射。