新生儿母乳乳糖不耐受是腹泻每日数次至10余次，大部分患儿肠道气体多，常常带出少量粪便在尿布上。大便多为黄色或青绿色稀糊便，或呈蛋花汤样，泡沫多，有奶块，少数患儿有回奶或呕吐。患儿还会伴有腹胀和不同程度的不安、易哭闹，排便或经治疗后腹泻好转。肠绞痛少见，常发生在病程中，但也可发生在腹泻前。少数患儿可有便秘。